公司車間面積跨兩個區，主觀稅務機關如何確定？

兩者都是主觀的稅務機關。根據《土地使用稅》第十四條規定，土地不屬於同壹城市管轄的，納稅人應當向土地所在地的稅務機關繳納稅款，所以公司在這兩個區的廠區是主觀上的稅務機關。主管稅務機關特指中華人民共和國國家稅務總局及其下屬稅務機關，包括各級稅務機關、海關和財政機關。