合夥企業轉讓股權按轉讓股權所得，扣除原投入合夥企業的資金，以及在轉讓股權前因經營所得應分得利潤後的余額，按20%的稅率，征收個人所得稅。《國家稅務總局關於切實加強高收入者個人所得稅征管的通知》(國稅發〔2011〕50號)規定：對個人獨資企業和合夥企業從事股權(票)、期貨、基金、債券、外匯、貴重金屬、資源開采權及其他投資品交易取得的所得，應全部納入生產經營所得，依法征收個人所得稅。
《財政部國家稅務總局關於印發的通知》(財稅〔2000〕91號)規定：第四條
個人獨資企業和合夥企業(以下簡稱企業)每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的個體工商戶的生產經營所得應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
法律依據
《財政部國家稅務總局關於合夥企業合夥人所得稅問題的通知》
第二條 合夥企業以每壹個合夥人為納稅義務人。合夥企業合夥人是自然人的，繳納個人所得稅;合夥人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。
第三條 合夥企業生產經營所得和其他所得采取先分後稅的原則。這與合夥企業法的規定由合夥人分別繳納所得稅是壹致的，合夥企業以每壹個合夥人為納稅義務人。