法律分析:違法。畢業證書是證明學生按國家要求完成學業，經考試合格，符合國家有關規定，準予畢業的文件。學校無權扣留學生的畢業證。從法律上講，只要學生順利完成學業，學校以任何理由扣留學生的畢業證都是違法的。
法律依據:《中華人民共和國教育法》第十五條，對完成規定年限義務教育的兒童、少年，學校應當發給完成義務教育證書。義務教育證書的格式由省教育廳統壹制定。在當地完成規定年限義務教育後取得的畢業證書或結業證書，可視為完成義務教育的憑證。
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