在這種情況下，如果B公司未能在三個月的合理期限內提出質量問題，則視為該設備無質量問題，其應支付所欠貨款。但此後三年雙方並未協商，訴訟時效已過。根據《民法通則》第135條“請求人民法院保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規定的除外。”由於訴訟時效屆滿後雙方自願達成協議，故不受訴訟時效限制。故法院應判令B公司支付貨款20萬元。