1.侵占集體土地首先由政府部門處理；
2.如果政府部門處理不了，就向法院提起訴訟。法律後果壹般是由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令退還非法占用的土地，並處以罰款、恢復原狀等處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
建設單位使用國有土地應當通過出讓等有償使用方式取得；但是，下列建設用地，經縣級以上人民政府依法批準，可以劃撥方式取得:
1，國家機關和軍隊用地；
2、城市基礎設施用地和公益事業用地；
3、國家重點支持的能源、交通、水利等基礎設施用地；
4.法律、行政法規規定的其他土地。
綜上，由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令退還非法占用的土地，並處以罰款、恢復原狀等處罰，構成犯罪的，依法追究刑事責任。超過批準的數量占用土地的，也以非法占用土地論處。
法律依據:
《中華人民共和國土地管理法》第七十七條
未經批準或者采取欺騙手段非法占用土地的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門責令退還非法占用的土地；違反土地利用總體規劃，擅自將農用地轉為建設用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建築物和其他設施，恢復土地原狀；符合土地利用總體規劃的，予以沒收，可以並處罰款；對非法占用土地單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
超過批準的數量占用土地的，以非法占用土地論處。