然而，它也有其缺點。公孫揚變法後，秦國到他奪得政權時，已經壹百多年了。這個制度雖然給秦國帶來了很大的好處，但是已經呈現出僵化的開端。比如陳升事件，他們因為暴雨耽誤了期限，可以被赦免或者減輕。但法律沒有賦予靈活性，只以“故意拖延”處理，這無疑增加了執法難度和人民群眾的強烈不滿。
而且中央集權過於統壹，皇帝集各種權力於壹身，當然避免了分裂獨立的危險，但也有可能獨斷專行，但在當時的社會是具有歷史進步意義的。
積極作用和影響:
國力增強；
有利於封建經濟文化的發展；
有利於祖國疆域的初步確立和民族團結的鞏固。
有利於形成以華夏為主體的中華民族。
奠定了中國兩千多年封建政治制度的基本格局，為封建王朝所用，並得到加強和完善。
負面影響:強化了皇帝的專制權威，激化了矛盾，秦朝短命而死。