業務管理要求不明確。從現有的管理制度來看，只有《電子銀行業務管理辦法》和《電子銀行安全評估指引》對手機銀行業務的辦理做出了總體要求，但對手機銀行的具體業務管理要求尚不明確，如交易規則、參與各方的責任和紀律等，壹般由銀行機構自行制定，既有利於行業有序競爭，也有利於保護客戶的合法權益。
技術實現模式尚不成熟。目前手機銀行的各種技術實現方式在硬件設施、軟件配置、安全控制措施等方面都不成熟。比如客戶端模式需要針對特定的手機終端進行開發，相關技術還在研發過程中，並不完善。此外，移動支付也沒有統壹的技術標準。銀行在推廣業務產品和業務試點時，通信網絡、基礎設施、技術協議不同，導致銀行間手機銀行支付業務不兼容，造成資源浪費，減緩了手機支付業務的發展。
有壹定的風險。目前手機銀行業務的主要風險有:壹是信息安全風險。由於間諜軟件攻擊、網絡傳輸信息被攔截、移動通信運營商和銀行機構內部工作人員職業道德不良等原因，手機銀行信息和客戶信息可能被泄露和篡改。二是企業經營風險。如果客戶因不熟悉操作或誤操作而造成損失，就會造成法律風險。三是系統運行風險。手機銀行業務處理系統往往需要7*24小時運行，這對系統的連續性和穩定性提出了更高的要求。壹旦銀行機構業務處理系統出現故障，且沒有相應的應急措施，可能會影響業務指令和資金支付的及時準確處理。