2.投保對象不同。只有新疆建設兵團戶籍居民才能參加新疆建設兵團醫保，只有農村戶籍居民才能參加新農合。不能互相欣賞。
3.資費標準比新農合更優惠:這個醫保在啟動階段根據參保人員的不同，籌資標準也不壹樣。學生和少年兒童(含中小學校學生、非在職大學生和少年兒童)原則上按照每人每年100元的標準籌集。其中，個人繳納20元，補貼80元；屬於低收入群體的學生兒童或重度殘疾人個人繳納10元補貼90元。成年居民，即除學生、兒童以外的非從業居民，按照每人每年200元的標準籌集。其中，個人繳納120元補貼80元；屬於低保標準的，喪失勞動能力的重度殘疾人、60周歲以上老年人、家庭人均收入低於統籌地區當地最低工資標準的低收入家庭個人繳納60元，補貼140元。
4.醫保定點醫院不壹樣。
5.待遇保障比新農合更優惠:壹年內，新疆生產建設兵團居民醫保基金最高支付限額為654.38+0.5萬元至2.5萬元。連續繳費5至8年、9至12年、13年的，最高支付限額在原基礎上分別提高10000元、20000元、30000元。
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