文件保管程序如下:
1.首先，申請托管需要的材料有:公司的代理機構，公司的營業執照(復印件)，原件和復印件，員工檔案。
2.其次，靈活就業人員個人代辦需要本人身份證、戶口本、本人壹寸免冠照片、本人檔案。
3.然後手續由公司的代理機構辦理，公司提交營業執照(復印件)原件和復印件。
4.其次，工作人員核對無誤後，單位填寫人力資源和社會保障事務代理合同。
5.然後受理方打印人力資源和社會保障局的手冊。
6.還有靈活就業人員個人代理，代理人提交個人書面申請材料。
7.其次，工作人員會對申請材料進行審核，符合要求的，代理人可以填寫就業鑒定登記表和人力資源和社會保障代理合同。
8.之後工作人員會打印人力資源和社會保障事務的代理手冊。最後，代理人根據靈活就業人員增加社會保險費明細清單到社會保險服務中心繳納社會保險費。