1、醫療機構發生醫療事故，由衛生行政部門根據醫療事故的級別和情節，給予警告；
2.情節嚴重的，責令限期停業整頓，直至由原發證部門吊銷執業許可證，對負有責任的醫務人員，依照《刑法》關於醫療事故罪的規定追究刑事責任；
3、尚不夠刑事處罰的，依法給予行政處分或紀律處分。
4.除依照前款處罰外，衛生行政部門還可以責令涉及醫療事故的相關醫務人員暫停執業活動6個月以上1年以下；情節嚴重的，吊銷其執業證書。
醫療事故的分類
《醫療事故處理條例》根據對患者造成的人身損害程度，將醫療事故分為四級。
1.壹級醫療事故:造成患者死亡或者嚴重殘疾的；
2.二級醫療事故:因器官組織損傷造成患者中度殘疾和嚴重功能障礙；
3.三級醫療事故:造成患者輕度殘疾和器官組織損傷，導致壹般功能障礙的；
4.四級醫療事故:對患者造成明顯人身傷害的其他後果。
綜上所述，醫療機構發生醫療事故，衛生行政部門應當根據醫療事故的級別和情節給予警告；情節嚴重的，責令限期停業整頓，直至由原發證部門吊銷執業許可證。
法律依據:
醫療事故處理條例。
第五十五條
醫療機構發生醫療事故的，衛生行政部門應當根據醫療事故的等級和情節給予警告；情節嚴重的，責令限期停業整頓，直至由原發證部門吊銷執業許可證，對負有責任的醫務人員，依照《刑法》關於醫療事故罪的規定追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，依法給予行政或者紀律處分。除依照前款處罰外，衛生行政部門還可以責令發生醫療事故的相關醫務人員暫停執業活動6個月以上1年以下；情節嚴重的，吊銷其執業證書。