首先是明確各部門的職責分工。由於機構改革等原因，女職工勞動保護監督管理體制歷經多次變革。2011年底，新修訂的職業病防治法對職業安全衛生管理體制進行了調整，即人力資源和社會保障行政部門負責對勞動合同、工作時間和休假、社會保險等事項進行監督檢查，安全生產監督管理部門負責對用人單位遵守勞動安全衛生法律法規情況進行現場監督檢查。據此，《條例》將女職工勞動保護監督管理體制由原勞動行政部門調整為縣級以上人民政府人力資源和社會保障行政部門、安全生產監督管理部門，按照各自職責負責對用人單位遵守本條例的情況進行監督檢查。
二是規定法律責任。《女職工勞動保護規定》只是籠統地規定了對用人單位的違法行為給予行政處分、責令經濟賠償和依法追究刑事責任。《條例》根據《職業病防治法》和《勞動保障監察條例》的相關處罰規定，明確了用人單位違反女職工勞動保護的法律責任。違反《條例》第六條第二款、第七條第壹款、第九條規定的，按照每名女職工1000元以上5000元以下的標準處以罰款；違反《條例》附錄第壹條、第二條的，按照每名女職工1000元至5000元的標準處以罰款；違反附錄第三條、第四條規定的，處5萬元至30萬元罰款，情節嚴重的，停止相關作業，或者提請有關人民政府按照國務院規定的權限責令關閉。