疫情期間，延遲開工的企業扣年假是合法的。從法律上鼓勵在復工前協商解決就業問題。如果受疫情影響的員工不能按期上班，或者企業不能開工生產，要引導企業積極與員工溝通。有條件的企業可以通過電話、網絡等彈性工作方式安排員工在家辦公，完成工作任務；對於不具備遠程辦公條件的企業，與員工協商優先使用帶薪年假、企業設定的福利假等各類休假。要引導企業工會積極動員職工與企業同舟共濟，在兼顧企業和職工雙方合法權益的基礎上，幫助企業最大限度地減少疫情造成的損失。
法律依據:
根據《中國企業聯合會/人力資源和社會保障部中華全國工商業聯合會中國企業家協會關於在新型冠狀病毒肺炎防控期間穩定勞動關系支持企業恢復工作生產的意見》第二條，應靈活處理疫情防控期間的勞動用工問題。
(壹)鼓勵在復工前協商解決就業問題。如果受疫情影響的員工不能按期上班，或者企業不能開工生產，要引導企業積極與員工溝通。有條件的企業可以通過電話、網絡等彈性工作方式安排員工在家辦公，完成工作任務；對於不具備遠程辦公條件的企業，與員工協商優先使用帶薪年假、企業設定的福利假等各類休假。要引導企業工會積極動員職工與企業同舟共濟，在兼顧企業和職工雙方合法權益的基礎上，幫助企業最大限度地減少疫情造成的損失。