這部電影是根據20世紀60年代的同名電視喜劇改編的。男主角是“86號特工”麥克斯韋·斯馬特，他的女伴是99號特工。雖然名字叫“聰明”，但這個特工壹直都是稀裏糊塗的，卻總能弄巧成拙的完成任務。新版《糊塗偵探》的故事全新原創，主要講述了麥克斯韋·斯馬特是如何成為特工的，以及他是如何開始與特工99合作的。影片中的反派是壹個無政府組織“KAOS”，該組織勒索美國政府，如果其要求得不到滿足，將會發射核彈。特工86必須找出這些核彈的位置並阻止它們的發射以拯救世界。壹個名為“KAOS”的犯罪組織最近開始挑戰政府和法律:殺人放火。就連該組織的頭目齊格弗裏德(特倫斯·斯坦普飾)也揚言要用核彈威脅美國政府。和他的夥伴查塔克(肯尼斯大衛)，壹個臭名昭著的恐怖分子，加入進來。危機之下，政府的特工組織“控制”自然不會袖手旁觀。特勤局組織負責人撒迪厄斯(艾倫·阿金飾演)迅速召開緊急會議，但組織內部多名優秀特工卻因為種種原因無法奉命處理目前最棘手的問題。無奈之下，撒迪厄斯只好用上了“菜鳥”——特工麥克斯韋“聰明”(史蒂夫·卡萊爾飾演)。但由於86號聰明先生資歷較淺，瑟迪斯特意安排了壹位性感幹練的99號女特工(安妮·海瑟薇飾)暗中幫忙。於是，兩位特工迅速展開了針對“克高斯”恐怖組織的特別行動。