首先，破壞了安定團結的大好局面。大量事實表明，非法宗教活動是影響社會穩定的重要因素。有非法宗教活動的地方，正常的社會秩序、工作秩序、生活秩序和民族團結就會受到影響。在非法宗教活動猖獗的地方，特別是背後有“三股勢力”的時候，不僅壹切正常秩序和民族團結遭到破壞，宗教活動無法正常進行，經濟發展受到影響，甚至發生動亂和騷亂，嚴重危害人民生命財產安全。在這些地方，基層組織和政權也受到嚴重影響和削弱，黨和國家的方針政策得不到全面正確的貫徹執行。
其次，為外國敵對勢力幹涉中國內政提供借口，損害中國在國際舞臺上的形象。大量非法宗教活動的存在，嚴重威脅和影響了新疆的社會穩定、經濟發展、民族團結和祖國統壹，也破壞了信教群眾正常的宗教活動。這是任何壹個負責任的政府都不允許的。為了保護各族人民的根本利益、宗教信仰自由權利和正常的宗教活動，新疆各級政府依法加強對宗教事務的管理，采取各種措施制止非法宗教活動。國內外的民族分裂主義和宗教極端主義趁機攻擊中國的宗教政策，在國際上大吵大鬧，把中國制止非法宗教活動的努力汙蔑為“打擊宗教”、“剝奪宗教信仰自由的權利”。它不僅破壞了中國的國際形象，損害了中國的政治和經濟利益，影響了中國與世界各國的友好合作關系，而且為外國敵對勢力以“人權”為借口幹涉中國內政，破壞中國的統壹和領土完整提供了借口