第二十八條發現船舶未按照規定辦理船舶簽證的，海事管理機構應當責令船舶辦理簽證，並可以責令船舶到指定地點接受調查；拒不改正的，可以采取禁止入境、出境或者停航等措施。
第二十九條發現船舶不再符合申請定期船舶簽證條件的，應當要求該船舶按照第二章第壹節的規定申請航次船舶簽證，並通知授予定期船舶簽證的海事管理機構取消該船舶的定期船舶簽證。
第三十條發現船舶以不正當手段取得船舶簽證尚未出港的，海事管理機構應當註銷船舶簽證，並在船舶簽證簿上批註註銷原因和日期，加蓋印章；船舶已經離港的，海事管理機構應當調查處理或者通知下壹到達地海事管理機構調查處理。
第三十壹條海事管理機構在監督檢查過程中，應當將下列事項記錄在船舶簽證簿上，並通知船籍港海事管理機構:
(壹)船舶受到海事行政處罰；
(二)船舶發生水上交通事故和船舶汙染事故；
(3)該船被禁止離開香港。
船籍港海事管理機構應當記錄收到的上述信息，並協助調查處理。
第三十二條船舶違反船舶簽證管理規定，應當給予行政處罰的，按照交通部頒布的《海事行政處罰規定》執行。
第三十三條海事管理機構工作人員濫用職權、徇私舞弊、玩忽職守的，由其所在單位或者上級機關依法給予行政處分；構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。