專利申請被宣告無效後的法律後果是，專利權自始即被視為不存在，專利權被宣告無效前人民法院作出並執行的專利侵權判決、調解書，已經履行或執行的專利侵權糾紛處理決定，已經履行的專利實施許可合同、專利轉讓合同，不具有溯及力。但是，因專利權人的惡意給他人造成損失的，應當予以賠償。
法律客觀性:
《中華人民共和國專利法》第四十七條宣告無效的專利權視為自始不存在。宣告專利權無效的決定，對專利權被宣告無效前人民法院作出並執行的專利侵權判決、調解書，已經履行或者執行的專利侵權糾紛處理決定，以及已經履行的專利實施許可合同、專利轉讓合同，不具有追溯力。但是，因專利權人的惡意給他人造成損失的，應當予以賠償。未按照前款規定返還專利侵權賠償金、專利使用費和專利轉讓費，明顯違反公平原則的，應當全部或者部分返還。