首先，範圍不同:
項目備案:對政府核準投資項目目錄以外的政府投資項目和總投資50萬元以上的企業投資項目實行備案制。
項目核準:《政府核準的投資項目目錄》內的項目實行核準制。
第二，內容不同:
項目備案:備案審查的內容包括是否符合法律法規及其他有關規定，是否符合國家產業政策和投資政策的規定，是否符合行業準入標準，是否屬於不應由政府審批或核準備案的項目。
項目審批:項目審批的內容包括是否符合國家法律法規、國民經濟和社會發展規劃、行業規劃、產業政策、行業準入標準和土地利用總體規劃。
符合國家宏觀調控政策，區域布局合理，主要產品未壟斷國內市場，國家經濟安全未受到影響。資源得到合理開發和有效利用，生態環境和自然遺產得到有效保護，未對公共利益特別是項目建設的公共利益造成重大影響。
三、申請材料不同:
項目備案:企業投資項目備案申請表、項目單位法人工商登記證。
項目審批:項目審批需申報的材料包括項目申請報告、規劃選址意見、項目用地預審意見、環境影響評價意見以及相關法律法規規定的其他材料。