首先，如果公司有相關規定或者勞動合同明確規定離職後需要提前通知或者履行壹定的離職手續，員工未按規定操作，給公司造成壹定損失，那麽公司可以根據相關規定扣除員工工資。
其次，如果員工在離職前已經簽署了相關的離職協議或者解除勞動合同，公司也可以根據協議扣除員工的工資。
但是，如果沒有相關規定或者勞動合同中沒有明確約定離職程序，沒有簽訂相關離職協議或者終止協議，公司克扣員工工資是違法的。
需要提醒的是，如果公司沒有法律依據克扣員工工資，員工可以通過勞動仲裁或法院訴訟維護自己的合法權益。
法律依據:
工資支付暫行規定
第三條本規定所稱工資，是指用人單位根據勞動合同的約定，以各種形式支付給勞動者的工資。
第九條勞動關系雙方依法解除或者終止勞動合同的，用人單位應當在解除或者終止勞動合同時壹次性支付勞動者工資。
第十五條用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情形之壹的，用人單位可以扣繳勞動者工資:(1)用人單位代扣代繳的個人所得稅；(二)用人單位代扣代繳的由勞動者個人負擔的社會保險費；(三)法院判決、裁定要求扣繳的贍養費、扶養費；(四)法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
第十六條員工因自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以根據勞動合同的約定要求賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。