工人遲到是違反勞動紀律的行為，用人單位有權在規章制度或企業獎懲制度中對此類行為進行壹定的處罰，實現雙方權利義務的平等。
公司有權依法對員工的違規行為進行處罰，但前提是公司有處罰依據，且是合法制定的。所以罰款是否合法，要看公司有沒有相關的規章制度；第二，看規章制度是否合法。
如果公司沒有相關的規章制度，進行處罰是沒有依據的，也是不合法的。但嚴格來說，公司遲到是不罰款的，罰款是壹種行政處罰，必須由行政立法機關立法。因為公司不是行政執法機關，所以沒有罰款的權限。
所謂的罰款，其實就是扣工資，這是合法的，因為妳違反了公司的制度，但是勞動法和《工資支付暫行規定》也規定了公司對遲到員工的處罰不得超過當月工資的20%，另外扣除完工資後不得低於最低工資標準。法律依據:《中華人民共和國勞動合同法》第四條。用人單位應當依法建立和完善勞動規章制度，保障勞動者享有勞動權利和履行勞動義務。
用人單位制定、修改或者決定勞動報酬、工作時間、休息休假、勞動安全衛生、保險福利、職工培訓、勞動紀律、勞動定額管理等直接關系勞動者切身利益的規章制度或者重大事項時，應當與職工代表大會或者全體職工討論，提出方案和意見，與工會或者職工代表平等協商。
在執行規章制度和重大問題的過程中，工會或職工認為不適當的，有權向用人單位提出，通過協商修改完善。用人單位應當將直接涉及勞動者切身利益的規章制度和重大事項予以公示或者告知。