20世紀90年代以來，在法經濟學的研究方法上也出現了兩種不同的學術傾向。在非主流的法經濟學流派運動中，有學者提出以比較分析為主要研究方法，對應反思法經濟學的研究領域和學科性質定位的觀點。按照這種觀點，法律經濟學應該圍繞各種“公平”的社會模式，通過政治和經濟譜系來比較和分析不同社會制度中的法律安排。麥·樂毅曾明確指出:“作為壹種比較研究，法經濟學提供了壹種研究機會，把法律制度看作是壹種特定政治理念的反映，各種意識形態價值可以在現行法律制度中不加修改地進行比較。”同時，麥樂毅還強調“在法與經濟學的比較研究中，經濟哲學應該是人們對法律、政治和社會進行批判性分析的重點，而分析應該集中在特定政治環境中法律與經濟的關系上.....這種研究方法註重評價法律制度如何與經濟哲學有內在聯系”。強調比較分析研究方法的學者並不完全否定新古典經濟理論和分析方法在法律經濟學研究中的應用，但他們強調，在法律經濟學研究中，要“用有限的經濟學方法分析法律”，使法律經濟學研究“更加哲學化、人性化”。
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