評選委員會任命了壹批在中國相關學科領域具有學術權威、公正性和高度科學道德的科學家和專家作為被提名者。目前被提名者包括:何梁何利基金評選委員會委員、獲得過科技成果獎和基金會科技進步獎的科學家、中國科學院和中國工程院院士、國家重大科技計劃首席科學家、各省、自治區、直轄市科技廳、教育廳廳長、國家高新技術開發區管委會主任、國內外知名除何梁何利基金推選委員會委員外，每人每年可以提出兩個提名人，其他提名人每年可以提出壹個提名人向推選委員會推薦。
提名結果經評選委員會確認後，由各專業評審組進行初評，最後提交評選委員會進行終評，以無記名投票方式確定獲獎者。“何李基金科學技術進步獎”必須經半數以上委員通過，“何梁基金科學技術成就獎”必須經全體委員三分之二以上通過。