基本農田由國務院土地行政主管部門和農業行政主管部門管理。根據法律規定，地方土地行政主管部門和農業行政主管部門按照人民政府規定的職責分工，負責本行政區域內的基本農田保護管理工作。
法律客觀性:
《中華人民共和國土地管理法》第四十五條經國務院批準: (壹)基本農田；(二)基本農田以外的耕地三十五公頃以上的；(三)其他土地七十公頃以上。征用前款規定以外的土地，由省、自治區、直轄市人民政府批準，並報國務院備案。征用農用地的，應當依照本法第四十四條的規定事先辦理農用地轉用批準手續。其中，農用地轉用由國務院批準的，同時辦理征地審批手續，不再單獨辦理征地審批；省、自治區、直轄市人民政府批準征地審批範圍內農用地轉用的，應當同時辦理征地審批手續，不再單獨辦理征地審批。超越征地審批權限的，應當按照本條第壹款的規定另行辦理征地審批。