工程進度款的支付方式按照合同中的支付方式執行，主要包括按月支付、工程分期支付、壹次性支付等。以月付款為例:主要流程如下:施工單位在月初編制上月完工工程量清單和工程款支付申請表，提交監理審核。監理人將在收到上述表格後14天內完成審核並出具審核意見，提交建設單位審核支付。建設單位在接到監理人書面通知後14天內向施工單位支付進度款，具體支付方式按合同執行。壹般來說，以應付的工程款為基礎，扣除質量保證金比例、預付款比例和已支付的措施費後，支付給施工單位，工程量的變更或索賠按合同執行或在竣工時壹並結算。
法律客觀性:
《建設工程價款結算暫行辦法》第十三條結算支付按照下列規定執行: (壹)建設工程進度款結算方式1，月結算支付。即實行按月支付進度款，完工後清算的方法。對於合同期限超過兩年的項目，應在年度終了時進行項目盤點，並辦理年度結算。2.分段結算和支付。即當年開工，當年不能完工的項目，按照項目形象進度，分成不同階段支付項目進度款。具體劃分在合同中有明確規定。