首先，兩者的本質不同:
1，新三板本質:原指中關村科技園區未上市股份有限公司進入代辦股份系統進行試點轉讓。由於掛牌企業均為高新技術企業，不同於原轉板系統的摘牌企業和原STAQ、網系統的掛牌企業，因此被形象地稱為“新三板”。
2.三板的本質:所謂三板，是指從原兩個法人股市場退市的“兩網股”和從主板市場退市的“退市股”。
第二，兩者的含義不同:
1，新三板的意義:新三板的意義主要是針對公司，會給企業和公司帶來巨大的利益。目前新三板不再局限於中關村科技園區的未上市股份公司，也不再局限於天津濱海、武漢東湖、上海張江的未上市股份公司，而是面向未上市股份公司的全國性股權交易平臺，主要面向中小企業。
2.三板的意義:證券市場可以按照證券進場的順序分為發行市場和交易市場。發行市場也叫壹級市場，交易市場也叫二級市場。這和主板市場、二板市場、三板市場完全不同。
第三，兩者的股票品種不同:
1，新三板股票品種:新三板股票更多，更靈活；新三板和老三板最大的區別就是撮合交易，幅度是30%，超過這個範圍就要披露買賣雙方的信息。
2.三板股票品種:三板掛牌的股票品種很少，大部分質量不高。再轉主板上市也很難，被冷落了很久。
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