產權處理不同:非營利性民辦學校資助的學校清償債務後的剩余財產，繼續用於開辦其他非營利性學校；營利性民辦學校依法清償後的剩余財產，按照《公司法》(出資比例和股份)的有關規定處理，具體辦法由省、自治區、直轄市制定。
稅種不同:非營利性民辦學校與公辦學校享受同等待遇，按照稅法規定確定免稅資格後，對非營利性收入免征企業所得稅。營利性民辦學校征收企業所得稅，所得稅稅率待定。
法律依據:
中華人民共和國教育法
第八條教育活動必須符合國家和社會的利益。國家將教育與宗教分開。任何組織和個人不得利用宗教進行妨礙國家教育制度的活動。
第九條中國人民和公民有受教育的權利和義務。公民，不分民族、種族、性別、職業、財產狀況、宗教信仰等。，依法享有平等的受教育機會。
第十條國家根據少數民族的特點和需要，幫助少數民族地區發展教育。國家支持邊遠貧困地區發展教育。國家支持和發展殘疾人教育。