其次是制度，制度是執政意識形態實施和維護的保障。
政治制度:朱元璋廢丞相、中書省。皇帝直接控制六部，加強皇權。
立法制度:朱元璋編纂《大明法》，修訂《大高》，用法律手段維護和加強自己的統治。在中國，皇帝是唯壹的最高立法者，也是唯壹擁有最終解釋權的人。
司法制度:明代司法相對獨立。大理寺、都察院、刑部分屬三司。其中刑部歸內閣管轄，大理寺和都察院不歸內閣管轄。他們有獨立的司法權，只服從皇帝。這與中國以前的朝代不同。此外，明朝在六部之外增加六部，名義上直接對皇帝負責，不受內閣六部控制，有獨立的分配權。這壹點被進壹步削弱。
經濟社會制度:有經濟基礎才有上層建築。朱元璋實行世襲戶制，完善了上層制度下的社會制度，使社會趨於穩定。
科舉制度:即人才選拔制度，八股選拔學者。中央政府直接派官員主持和監督地方鄉試。
官僚主義:大幅削減官員薪水，以減少中央財政支出，進壹步鞏固中央集權。錦衣衛和東廠的設立，加強了皇帝對官員和社會各階層的直接控制，使明朝中央集權趨於完善和加強。
明代是中國歷史上各項制度最為完善的時期，但制度的執行始終是個難題。任何完善的制度壹旦到了執行的程度，必然會走樣，使明朝中後期的中央集權名存實亡。