1，農村宅基地糾紛案件的處理方法如下:
(1)農村宅基地產生的糾紛，可以協商解決；
(2)當事人可以通過調解解決爭議；
(三)當事人不願協商、調解或者協商、調解不成的，可以向仲裁機構申請仲裁；
(4)另外，可以根據爭議的內容向人民法院提起訴訟。
2.法律依據:《中華人民共和國土地管理法》第十四條。
土地所有權和使用權的爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間或者個人與單位之間的爭議，由鄉級或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的決定不服的，可以自收到決定通知之日起30日內向人民法院提起訴訟。
在土地所有權和使用權爭議解決之前，任何壹方不得改變土地使用現狀。
二、民事糾紛最嚴重的處罰是什麽？
民事糾紛最高處罰是拘留15天以下。在民事訴訟中不會有民事拘留作為懲罰，但如果有妨礙民事訴訟進程的情況，就會有為了保證訴訟順利進行而采取的司法拘留。