農民工工資專用賬戶中的資金僅用於支付農民工工資。法院可以扣押或凍結這些與支付工資有關的資金。這是為了防止資金的非法使用，保證農民工能夠及時得到應得的勞動報酬。
關於農民工工資保護的法律規定；
1.工資支付義務:用人單位應當按時足額支付農民工工資，不得無故拖延或者克扣；
2.最低工資標準:各地區應根據當地經濟發展水平制定最低工資標準，用人單位支付的工資不得低於此標準；
3.工資支付周期:工資支付周期壹般不超過壹個月，特殊情況經勞動者同意可以適當延長，但最長不超過三個月；
4.工資支付形式:工資應當以貨幣形式支付給勞動者本人，不得以實物或者其他非貨幣形式支付；
5.工資支付憑證:用人單位支付工資時，應當出具工資支付憑證，由勞動者簽字或者蓋章確認；
6.加班工資:農民工應支付不低於本人工資的150%的加班工資，不低於法定節假日的200%，不低於法定節假日的300%；
7.工資支付保障金:部分地區要求用人單位繳納工資支付保障金，防止拖欠工資；
8.違法處罰規定:對拖欠農民工工資的用人單位，依法給予行政處罰，情節嚴重的可追究刑事責任。
綜上所述，為保證農民工及時獲得應得的工資，法院有權在特定情況下查封或凍結農民工工資專用賬戶內的資金，防止其被非法使用，保護農民工的合法權益。
法律依據:
農民工工資支付保障條例
第三十三條
除法律另有規定外，不得以支付為本項目提供勞務的農民工工資以外的理由查封、凍結或劃撥農民工工資專用賬戶的資金和工資保證金。