首先，《中華人民共和國土地管理法》規定，土地屬於國家所有，除法律另有規定外，任何單位或者個人不得侵占或者擅自占用土地。宅基地是指農村居民用於自己建房的土地，只能由宅基地法律授權的使用者使用。因此，農民非法占用宅基地違反了《中華人民共和國土地管理法》的規定。
其次，根據《中華人民共和國刑法》，非法占用土地或者農用地的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金。非法占用土地可能涉及民事賠償，例如被占用者要求歸還土地和歸還財產。
因此，農民非法占用宅基地不僅可能構成刑事犯罪，還可能承擔民事賠償責任。法院判其拆除並賠償違章建築，是基於相關法律法規的規定和對其行為的認定，旨在維護國家土地資源的合法權益，保護被占用人的合法權益。