《基本農田保護條例》明確規定，禁止任何單位和個人在基本農田保護區內建窯、建房、建墳、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進行其他損害基本農田的活動；禁止發展林果業和挖塘養魚；嚴禁閑散、荒蕪。基本農田保護區可以種什麽？水稻、小麥、油菜等糧油作物是常規作物，可以確保糧食安全；棉花和各種蔬菜是可以保證基本溫飽問題和餐桌安全的作物。壹般這個基本農田保護區是壹塊良田，也是允許承包出去的，但是要按規定在保護區內種植相應的農作物，不能閑置荒蕪。
基本農田保護區將設立保護標誌，可見國家對其的重視。
哪些耕地會被劃入基本農田保護區？國務院有關主管部門或者縣級以上地方人民政府批準的糧油棉生產基地內的耕地；水利和水土保持設施良好的耕地正在實施改造計劃，可以改造的中低產田；蔬菜生產基地；總之，為了確保糧食安全，劃定為基本農田保護區的耕地基本上都是優質土地，或者即將轉化為優質土地，周邊交通、水、土、水利設施相對較好。退耕還林不會包括在內。
有沒有可能征用基本農田保護區的耕地？還是可以的，但是要國務院批準。如果重點建設項目選址確實無法避開保護區，需要占用基本農田保護區內耕地的，此類征地必須先經國務院批準。由此可見，基本農田保護區在國家層面的重要性，任何單位和個人不得擅自改變或者占用。