國務院農業行政主管部門負責全國農業轉基因生物安全的監督管理工作。目前，國家已經出臺了四個規範性文件。分別是《農業轉基因生物安全管理條例》、《農業轉基因生物安全評價辦法》、《農業轉基因生物進口安全管理辦法》和《農業轉基因生物標識管理辦法》。
國家對農業轉基因生物安全實行分級管理評價制度。農業轉基因生物根據其對人類、動植物、微生物和生態環境的危險性分為四個等級。具體劃分標準由國務院農業行政主管部門制定。
受體生物分為四個安全級別:
(1)符合下列條件之壹的受體生物應確定為安全等級I:
1.從未對人體健康和生態環境產生不良影響；
2.進化成害蟲的可能性極小；
3.用於特殊研究的短命受體生物，實驗後在自然環境中存活的可能性很小。
(二)對人體健康和生態環境可能具有低風險，但通過采取安全控制措施可以完全避免其風險的受體生物，應當確定為安全等級ⅱ。
(三)對人體健康和生態環境可能造成中度風險，但通過采取安全控制措施基本可以避免其風險的受體生物，確定為安全等級ⅲ。
(4)可能對人體健康和生態環境產生高度危險，且在封閉設施外沒有適當的安全控制措施避免危險的受體生物，應確定為安全等級ⅳ。包括:
1，可能與其他生物發生高頻遺傳物質交換的害蟲；
2、沒有有效的技術防止自身或其產品逃逸和擴散；
3、沒有有效的技術保證其逃逸後，在對人類健康和生態環境造成不利影響前被捕獲或銷毀。