1，聘任制和正式編制的法律依據不同。聘任制適用勞動法的相關法律規定，而適用於公務員的相關法律規定是正式編制；
2、聘任制與正式設立爭議的救濟方式不同。聘用制度可以帶來民事訴訟救濟，而正式編制屬於行政內部行為，只能上訴；
3.聘任制和正式編制的區別。事業單位聘用制，沒有編制，但是通過正常考試或者調動的，都是編制；
4、聘任制與正式編制的待遇不同。聘用制度和既定待遇的差距非常明顯，或者說非常大。聘用人員工資比較低，單位給的福利也比較少，而編制內人員的五險壹金是頂著交的，還有工會福利，免費醫療等。
5.聘任制不同於正式晉升。事業編制有明確的晉升路徑，無論是走管理崗位還是技術崗位，都是可以晉升的。從辦事員走管理崗位到副科、正科、副科，從初級走技術崗位到中級、副高、正高。但是，用人制度不同。歸根結底，聘任制本身不是編制，聘任制不會有特別的晉升路徑。聘任制可能是聘任制人員的壹個小領導，但絕對不會成為單位的領導。
法律依據:《中華人民共和國公務員法》第二條。
本法所稱公務員，是指依法履行公職，納入國家行政編制，工資福利由國家財政負擔的工作人員。
公務員是幹部隊伍的重要組成部分，是社會主義事業的中堅力量，是人民的公仆。
第二十三條
壹級主任科員及其他相當職級以下公務員的錄用，采取公開考試、嚴格考察、平等競爭、擇優錄取的方式。
依照前款規定在民族自治地方錄用公務員時，應當依照法律和有關規定對少數民族報考者給予適當照顧。