前52年，卡托未能在次年競選最高執政官。此時，賄賂和欺詐行為猖獗，但他嚴格進行誠實的競選，因此毫無疑問，他輸給了他的良心對手。卡托平靜而反常地接受了失敗，但拒絕再次參選。
前49年，卡托要求元老院正式解除愷撒的地方總督任期，並命令愷撒在沒有地方總督法律豁免權保護的情況下，以公民身份返回羅馬。此前，龐培拒絕了所有命令愷撒返回羅馬的請求，但逐漸註意到愷撒廣泛使用賄賂來支持政治暴力。在龐培的默許下，卡托使結束凱撒地方總督權限的決議順利通過。凱撒多次試圖談判，甚至讓步放棄壹切，只保留壹個行省和軍團。龐培對自己的讓步感到滿意，但加托和最高執政官蘭圖努斯拒絕讓步。所以凱撒會在回羅馬受審，或者自願流亡退出政壇之間做出選擇。但他只率領壹個軍團直逼意大利，這實際上是向元老院宣戰。
凱撒率領第13軍團越過盧比孔河，從元老院奪取了權力。這正是蘇拉所做的。凱撒被正式宣布為國家的敵人。他追擊龐貝領導的元老院派系，龐貝棄城而去希臘養兵。加藤是他的追隨者之壹。龐貝的軍隊最初在Dyrrhachium(卡托在控制港口)擊敗了凱撒，但最終在Pharsalus之戰(前48年)被擊敗。然而，卡托和梅特魯斯·西皮奧並沒有認輸，逃到了尤蒂卡省，在那裏繼續抵抗。因為他留在城市並控制其港口，他有時被稱為“卡托尤蒂肯斯”。愷撒立克利奧帕特拉七世為埃及王後後，繼續追求卡托和西庇阿。公元前46年2月，擁有數量優勢的凱撒軍團在薩普蘇斯戰役中擊敗了西庇阿的軍隊。凱撒扭轉了他的寬恕策略，不接受西庇阿軍隊的投降，並把他們全部屠殺。
加托沒有參加尤蒂卡戰役。他不想活在凱撒統治的世界裏，甚至拒絕讓凱撒享有原諒他的權利，於是自殺了。根據普魯塔克的敘述，卡托曾試圖用自己的劍自殺，但因手部受傷而未能成功。普魯塔克寫道:“卡托並沒有立即死於傷病。他掙紮著摔倒床下，撞倒了旁邊的壹張小桌子。當仆人聽到聲音時，他喊道。他的兒子和他所有的朋友立即跑進房間，看到他在自己的血泊中翻滾，壹條大腸都在外面，但他還活著，看著他們。他們都害怕地站著。醫生上前，要把沒被刺傷的腸子放回體內，縫合傷口。但卡托醒了，明白了醫生的意圖，把他推開，拔出腸子，撕開傷口，馬上就死了。”
普魯塔克寫道，凱撒對卡托之死的評價是:“卡托，我恨妳的死，妳也恨我救了妳的命。”