根據《煙草專賣法》的規定，煙草專賣局是頒發煙草專賣許可證的發證機關，即有權作出授予煙草專賣零售許可證的決定，也可以在後續監管過程中發現被許可人違反國家法律、法規和規章的規定時，有權責令被許可人暫停煙草專賣業務、整改直至取消其從事煙草專賣業務的資格。比如，在後續監管過程中，持有人向未成年人銷售煙草制品的行為違反了《中華人民共和國未成年人保護法》(簡稱《法》)第五十九條；或者被許可人在經營煙草制品零售業務過程中，未將煙草專賣許可證正本置於經營場所顯著位置，違反《煙草專賣許可證管理辦法(條例)》第三十條規定的，煙草專賣局有權暫停其煙草專賣業務，依法整改，直至取消其從事煙草專賣業務的資格。
責令暫停煙草專賣業務及整改的法律後果；
持證人違反相關法律法規，被發證機關責令暫停煙草專賣業務並進行整改。法律後果是在停業整頓期間不得繼續從事煙草制品零售業務，在停業整頓期間，違規者應當積極進行整改，消除導致停業的因素，糾正違法行為。停業整頓期滿後，煙草專賣行政主管部門根據其整頓情況作出恢復營業或者取消其從事煙草專賣業務資格的決定。
註:責令停業整頓不屬於行政處罰的範疇，僅適用於煙草專賣業務的壹個因素，對權利人的權利影響相對較小，其性質和後果與暫扣許可證基本相同。因此，發證機關不需要賦予當事人聽證的權利。
取消煙草專賣經營資格的法律後果；
被許可人因違反相關法律法規被發證機關取消從事煙草專賣業務資格，法律後果是被剝奪繼續從事煙草制品零售業務的資格。同時，根據《煙草專賣許可證管理辦法(條例)》第二十五條第三款規定，被取消從事煙草專賣業務資格未滿三年的，發證機關應當依法作出不予頒發煙草專賣零售許可證的決定。