三方協議違約金超過5000是不合理的。未履行三方協議的畢業生須向用人單位支付違約金，最高不超過5000元。反之，不履行三方協議的企業應向畢業生支付違約金，最高金額為5000元，無效。詳情如下:
1.如果在協議中約定了違約金，那麽誰違約誰就應該支付違約金，但如果違約金過高，可以減少；
2.如果協議中沒有約定違約金的條款，則不需要支付違約金。所以，如果不想去協議約定的崗位，違約後是否支付違約金，需要按照協議辦理。另外，在簽訂三方協議時，會直接涉及到切身利益，所以在簽訂協議時要註意以下幾個方面:
1.大學生在簽訂三方協議時，首先要看填寫的用人單位名稱是否與單位有效印章名稱壹致。如果不壹致，協議無效。填寫自己的專業名稱時，應與學校教務處的專業名稱壹致，不能縮寫；
2.外企、合資企業、私企壹般采用試用期，根據合同期限的長短，可以從1-3個月不等。通常試用期為3個月，不得超過6個月。國家機關、高校、科研院所壹般采取試用期，壹般為壹年；
3.約定的違約金不能太高。學生在談判時應努力將違約金降到最低，通常違約金不超過5000元；
4.畢業生就業協議是“格式合同”。畢業生可在備註欄說明簽約前達成的休假、住房、保險等福利待遇。遇到糾紛，他們可以借此維護自己的合法權益；
5.學生在簽訂協議時，要嚴格按照規定的步驟進行。
綜上，三方協議違約金超過5000是不合理的。未履行三方協議的畢業生須向用人單位支付違約金，最高不超過5000元。反之，不履行三方協議的企業應向畢業生支付違約金，最高金額為5000元，無效。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第十六條勞動合同是勞動者與用人單位建立勞動關系，明確雙方權利和義務的協議。
建立勞動關系，應當訂立勞動合同。
第十七條訂立和變更勞動合同，應當遵循平等自願、協商壹致的原則，不得違反法律、行政法規的規定。
勞動合同依法訂立後，即具有法律約束力，當事人必須履行勞動合同規定的義務。
第十九條勞動合同應當以書面形式訂立，並具備下列條款:
(壹)勞動合同期限；
(2)工作內容；
(三)勞動保護和勞動條件；
(四)勞動報酬；
(5)勞動紀律；
(六)勞動合同終止的條件；
(七)違反勞動合同的責任。
除前款規定的必備條款外，勞動合同當事人可以協商約定其他內容。