(1)妳不是公司法律意義上的“股東”，只是妳和投資方之間的壹個民間借貸和投資協議。最多可以算是隱名股東，但是隱名股東的前提是妳的《股東確認函》有全體股東的簽字同意或者公司的公章。
(2)從妳所說的，我猜測:妳的《股東確認函》可能是公司法定代表人或法定代表人的父親私下寫的，沒有公司印章，也沒有其他所有股東的認可簽名。這種情況下，妳的《股東證書》在法律上是無效的。只能作為妳和替妳寫的人之間債權債務的證明，不能證明妳享有股東身份和股東權利。
2.“我父親和我同意把我的股份資本還給我。不好意思。我讓公司法人以我個人名義簽借條合適還是以公司名義簽借條合適？”：
(1)企業爸爸同意嗎？法人的父親(正確的稱呼應該是法人代表，法人是指公司)可以決定法人的事務？
(2)如果公司還有足夠的資產:最好以公司的名義給妳開壹張借條，這樣妳以後可以用公司的資產償還債務；
如果公司資產不多，法人財力還可以:最好讓法人代表以個人名義出具借條，這樣以後公司破產還是資不抵債都與妳無關，妳只問法人代表要錢。
3.關於您的補充資料:
(1)我的股東確認合法嗎？不違法，但是不能證明妳的股東身份，不能保證妳的股東權利。
但是這個證明至少可以證明妳和給妳寫股東證明的人之間是有債權債務關系的。
(2)“如果借條背面註明如果公司資不抵債，由XXX承擔連帶責任，需要債務人簽字”:當然，如果連帶賠償人不簽字，對他不生效。
4.提示:
(1)寫借條時，最好同時寫下之前約定的“分紅”或利息；
(2)如果還不清楚還款期限，最好寫借條，不要寫借條。
(3)可約定壹人連帶賠償，但需連帶賠償人簽名；也可以要求將公司的部分財產抵押，但不動產或車輛等不動產或準不動產的抵押要登記，不登記無效。