首先，知識產權侵權懲罰性賠償的功能不包括賠償功能。懲罰性損害賠償和補償性損害賠償是不同請求權的兩個獨立基礎。損害賠償民事責任以損害完全賠償原則為基礎，以賠償權利人的實際損失為目標功能，遵循同質賠償和補償原則。補償性賠償的出發點是維護和救濟受害人的利益，旨在填補受害人的損害，懲罰性賠償追求的是對不法行為人違法行為的懲罰。過錯責任原則是現代侵權責任認定的價值判斷標準和歸責原則，不能以補償性損害賠償來追究加害人的主觀過錯，即認定補償性損害賠償具有懲罰功能。作為兩項獨立的請求權，被害人有權分別主張補償性賠償和懲罰性賠償。雖然補償性賠償制度下損失金額的確定決定了懲罰性賠償金額的基數，但賠償功能不應混入懲罰性賠償制度。
其次，懲罰性賠償和知識產權侵權的核心功能是懲罰功能。懲罰功能是知識產權侵權懲罰性賠償制度的核心功能，旨在基於對侵權人行為的問責來懲罰侵權人。在嚴重故意侵犯知識產權的案件中，侵權人通常在仔細權衡侵權的成本和收益，認為違法行為的收益將超過補償性賠償的支付後，有意識地追求違法侵權行為的發生。懲罰性賠償通過設定雙倍賠償規則，使侵權人的賠償數額超過其預期的成本和收益，從而嚴懲侵權人，實現懲罰功能。
再次，知識產權侵權懲罰性賠償的另壹個重要功能是威懾功能，旨在威懾行為人和潛在侵權人不實施相同或相似的違法行為。懲罰性賠償的威懾功能是將補償性賠償無法實現的社會成本內化為行為人的侵權成本，從而消除逃避責任的投機心態，實現最佳威懾。因此，使侵權人受到難以忘懷的制裁和威懾作用，是知識產權侵權懲罰性賠償的功能價值。對嚴重故意侵犯知識產權行為的高額賠償和處罰，將對侵權人和社會上潛在的類似違法行為人產生威懾作用，有助於提前預防和遏制類似違法行為的發生。因此，懲罰性賠償和補償性賠償具有完全不同的制度設計功能和目的，懲罰性賠償制度主要服務於懲罰違法行為和威懾違法行為不再發生的雙重目的。明確知識產權侵權懲罰性賠償的制度功能對於指導司法實踐中的具體操作具有重要意義。