秘書行政部(研究部)
負責文秘、機要、檔案、信訪、保密、安全工作，起草國務院年度立法工作安排，負責部門間業務協調，研究國務院法制工作和國家法制建設中的重要問題，組織學術交流，負責機關人事、勞動工資、幹部培訓和部分後勤行政工作。
政法勞動和社會保障法律司
承辦政法、人事、勞動和社會保障、外事、軍事、民族、宗教方面的法律工作，聯系公安、安全、監察、民政、司法、人事、勞動和社會保障、外交、國防、民族等方面的工作。宗教事務、僑務、香港特別行政區和澳門臺灣省事務、外國專家等部門。
教育科學技術文化衛生法制司
承擔教育、科技、文化、衛生、體育、知識產權方面的法律工作，聯系教育、科技、文化、衛生、計劃生育、廣播影視、體育、新聞出版、知識產權、藥監、文物、中醫藥等部門。
財政金融法律與制度系
承擔發展計劃、財政、稅務、金融、證券、保險、海關方面的法律工作，聯系發展計劃、財政、銀行、審計、稅務、海關、統計、證券管理、外匯、糧食儲備、出入境檢驗檢疫等部門。
工業、商業和法律事務部
承辦工商等方面的法律工作，聯系經貿、外貿、鐵路、交通、信息產業、國防科技、民航、工商、旅遊、質量技術監督、國內貿易、煤炭、機械、冶金、有色金屬、石化、輕工、紡織、建材、煙草、郵政等部門。
農業資源、環境保護和法制司
承辦農業、林業、資源、環保、城建等方面的法律工作。，並聯系農業、國土資源、林業、建設、水利、環保、海洋、測繪、氣象、地震等部門。
政府法律協調部(法律編纂部)
研究涉及相同政府行為規範的行政訴訟、行政復議、行政賠償、行政處罰、行政許可、行政收費、行政執行等法律、行政法規實施中的問題，起草配套的行政法規、文件和答復意見；研究行政執法責任制、評議考核制等行政執法中的普遍性問題，提出完善法律、行政法規和行政執法監督制度的意見；承擔協調部門之間在執行有關法律、行政法規中的矛盾糾紛工作；辦理地方性法規、地方人民政府規章和國務院各部門規章的備案審查，審查是否同憲法、法律、行政法規相抵觸以及是否相互抵觸，根據不同情況提出處理意見。負責清理和匯編行政法規，提出行政法規的廢止、失效和修改意見，維護行政法規之間的協調統壹；編輯國家出版的法律、行政法規匯編的正式版本。
法律翻譯和外事處
主要承擔國家公布的行政法規外文文本和民族文字文本的翻譯和審讀工作，同時負責組織和承辦相關國際合作與交流，辦理外事行政事務。
機關黨委。負責機關及直屬事業單位黨群工作，辦公室設在秘書行政部。