壹、合同效力爭議
如果代理持股協議的內容不違反國家法律的規定，主要是不以合法形式掩蓋非法目的，不惡意串通損害他人利益，壹般的代理持股協議是合法的。但這種合法性只存在於簽訂協議的雙方之間，對第三方沒有約束力。
此外，根據中國的法律，中國的壹些行業限制或禁止外國投資者投資。外國投資者規避我國法律規定，以股權代持方式進入相關行業的，根據最高人民法院相關司法解釋，實際投資者與名義股東之間的股權代持協議，因違反我國法律規定，將被認定無效。
二、實際出資人不進行工商登記的法律風險
在工商管理部門登記的股東是委托控股代理人，不是實際投資人。但對外，股東資格的確認是以股東出資證明書和工商登記為依據的。雖然實際出資人出資，但其姓名未在工商登記材料上顯示，容易產生以下法律風險:
1.不承認股東的身份。由於工商登記材料中未記載實際出資人的姓名，實際出資人的股東身份在法律上不被認可，股東的壹系列權利，如表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等，都需要股東代為行使，這必然會產生風險。實際出資人很難控制當代股東的股份轉讓和質押。
2.代表股東惡意損害實際股東利益。包括代表股東濫用經營權、表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權給實際出資人造成的財產損失。
3.因代理股東自身原因引起的訴訟，被法院凍結、保全或其名下的代理股權被執行。當代股東有其他不能清償的債務時，法院和其他有權機關可以依法查封上述股權，以代股東持有的股權清償股東的債務。如果實際投資人未能及時制止，只能依據持股協議向股東主張賠償責任。
4.代理股東意外死亡導致繼承或離婚糾紛。如果代理股東意外死亡，其名下的股權將作為財產卷入繼承或離婚的法律糾紛。實際投資者不得不卷入相關的糾紛案件，以維護其財產權。