1.通過註冊集體商標或證明商標來保護。
目前，約有100個國家和地區通過註冊證明商標或集體商標來保護地理標誌。要求地理標誌持有人界定註冊商標的生產範圍、技術標準和商標設計。該定義是手冊不可分割的壹部分。申請被批準後，手冊成為註冊的重要組成部分，對註冊人和商標使用人具有法律約束力。這種保護方式的好處是將地理標誌納入《商標法》的保護體系，便於對農產品地理標誌進行程序化保護，也便於在其他國家和地區獲得保護。
2.反不正當競爭法的保護。
這種利用反不正當競爭法保護地理標誌的方法在歷史上不斷發展。《巴黎公約》最初規定的行為，即禁止或限制虛假商號使用虛假原產地標記的行為；後來發展到禁止使用虛假或欺騙性的原產地標記(《巴黎公約》、《裏斯本協定》、《馬德裏協定》)，再發展到《巴黎公約》第10之二條規定的壹般禁止使用地理標誌構成不正當競爭。基於反不正當競爭的地理標誌保護制度的壹個主要特征是，法官在訴訟過程中應明確界定地理標誌定義中的關鍵要素，如產地、地理標誌所表示的區域的特定品質和地理標誌的聲譽。
即使在采用註冊集體商標和證明商標或專門立法保護地理標誌的國家，反不正當競爭法仍然是保護地理標誌的補充手段。比如，我國《商標法》規定，以反不正當競爭為目的，不得註冊含有虛假地名的商標。
3.特別法保護。
世界上大多數國家都不接受這種特別法保護的方法。目前，世界上約有20個國家按照這種模式保護地理標誌。這種保護方式可以細分為註冊地理標誌保護和原產地名稱保護。法國是最早實行原產地保護的國家，有完整而特殊的保護方法。法國政府設立了原產地名稱局(INAO)，其主要職能是檢測和控制使用“檢測”原產地名稱的產品質量。葡萄酒、烈酒和奶酪以外的產品的原產地名稱可以通過司法途徑或行政程序確定。
除上述保護模式外，壹些國家采用不同的法律和程序來保護不同產品的地理標誌。比如澳大利亞就制定了專門的法律《澳大利亞葡萄酒和白蘭地聯盟法案1980》，葡萄酒的地理標誌保護要依據該法進行註冊，而葡萄酒以外的產品標誌要依據商標法1995進行註冊認證保護。
目前，中國有三套地理標誌保護制度，即:
中華人民共和國農業部依據《中華人民共和國農業法》、《中華人民共和國農產品質量安全法》和《農產品地理標誌管理辦法》批準登記的農產品地理標誌；
根據《中華人民共和國商標法》、《中華人民共和國商標法實施條例》和《集體商標、證明商標註冊管理辦法》，經國家工商行政管理總局核準作為註冊集體商標、證明商標的地理標誌；
國家質檢總局依據《中華人民共和國產品質量法》、《中華人民共和國標準化法》、《中華人民共和國進出口商品檢驗法》和《地理標誌產品保護規定》批準保護的地理標誌產品。