首先，明確責任主體
在處理負有責任的領導和直接責任人員時，首先要明確責任主體。領導責任通常指在組織中擔任領導職務的人，他們負責管理和監督下屬的行為。直接責任者是指直接參與違法、違規或不當行為的人員，他們對自己的行為負有直接責任。
第二，依法調查取證
責任主體壹旦確定，相關部門應依法進行調查取證。包括收集相關證據、聽取當事人陳述和申辯、進行現場勘查等。調查取證過程應嚴格遵守法定程序，確保公正、公平、合法。
三、依法認定責任
相關部門要在調查取證的基礎上，依法認定責任。這包括評估違法、違規或不當行為的性質、情節和後果，確定責任人員的責任程度和範圍。責任認定要客觀公正，避免主觀臆斷和偏見。
第四，依法處理
根據責任認定結果，有關部門應當依法對負有責任的領導人員和直接責任人員進行處理。處理方式包括但不限於警告、記過、降級、撤職、開除等紀律處分，以及罰款、拘留、有期徒刑等法律制裁。在辦理過程中，要保證法律程序的合法、公正，維護當事人的合法權益。
動詞 （verb的縮寫）加強監督和預防
除了對已經發生的違法、違規或不當行為進行處理外，還應加強監管和防範。通過建立健全制度和機制，加強對領導和直接責任人員的監督管理，防止類似問題的再次發生。同時，加強法治宣傳教育，提高全體人員的法律意識和法紀。
總而言之:
依法處理負有責任的領導和直接責任人員，是維護社會秩序、維護公眾利益、促進司法和法治的重要舉措。在處理過程中，要明確責任主體，依法調查取證，認定責任，依法處理，加強監督防範。
法律依據:
中華人民共和國監察法
第45條規定:
根據監督調查結果，監察機關應當依法作出以下處置:
(壹)對在崗位上有違法行為但情節較輕的公職人員，按照管理權限，直接或委托有關機關和人員，給予提醒、批評教育、責令檢查或誡勉；
(二)依照法定程序對違法公職人員作出警告、記過、記大過、降級、撤職、開除等行政處分決定；
(三)對不履行職責或者不正確履行職責並負有管理責任的領導人員，按照管理權限直接作出問責決定，或者向有權作出問責決定的機關提出問責建議；
(四)監察機關經過偵查，認定犯罪事實清楚，證據確實、充分的，應當作出起訴意見，連同案卷材料、證據移送人民檢察院審查起訴；
(五)對監察對象所在單位廉政建設和履行職責中存在的問題提出監察建議。
中華人民共和國刑法
第397條規定:
國家工作人員濫用職權或者玩忽職守，致使公共財產、國家和人民利益遭受重大損失的，處三年以下有期徒刑或者拘役；情節特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑。本法另有規定的，依照其規定。
國家機關工作人員徇私舞弊，犯前款罪的，處五年以下有期徒刑或者拘役；情節特別嚴重的，處五年以上十年以下有期徒刑。本法另有規定的，依照其規定。