2001年5月23日，國務院頒布《農業轉基因生物安全管理條例》，明確規定農業轉基因生物實行安全評價制度、標識管理制度、生產許可制度、經營許可制度和進口安全審批制度。其宗旨是加強農業轉基因生物安全管理，保障人類健康和動植物、微生物安全，保護生態環境，促進農業轉基因生物技術研究。
《轉基因生物安全管理條例》頒布後，農業部和國家質檢總局制定了《農業轉基因生物安全評價管理辦法》、《農業轉基因生物進口安全管理辦法》、《農業轉基因生物標識管理辦法》、《農業轉基因生物加工審批管理辦法》、《出入境轉基因生物檢驗檢疫管理辦法》等五部配套法規。2016農業部修訂《農業轉基因生物安全評價管理辦法》。2017年，國務院修訂了《農業轉基因生物安全管理條例》，農業部修訂了《農業轉基因生物安全評價管理辦法》、《農業轉基因生物進口管理辦法》、《農業轉基因生物標識管理辦法》。
《中華人民共和國種子法》、《中華人民共和國農產品質量安全法》、《中華人民共和國食品安全法》都對農業轉基因生物的管理做出了相應的規定。《種子法》對轉基因植物品種的選育、試驗、審批、推廣和鑒定作了專門規定。《農產品質量安全法》規定，屬於農業轉基因生物的農產品，應當按照農業轉基因生物安全管理的有關規定進行標識。《食品安全法》規定，生產經營轉基因食品應當按照規定進行標識。