用人單位應當在勞動者就業後30日內為其繳納社會保險。如果三個月後才開始繳費，就違反了《中華人民共和國社會保險法》第五十八條的規定。違法行為對員工權益造成負面影響。比如醫保從正式繳費之日起才能享受待遇，生育保險可能需要連續繳費壹定時間才能享受相關待遇。如果企業沒有按時繳納社保，員工可以申請解除勞動合同，要求經濟補償。壹些企業可能會延遲繳納社保以降低成本，但這增加了維權的難度。勞動監察有效期為兩年。過了這個期限，勞動監察部門可能就不受理了。
關於支付社會保障的規定:
1.繳費人:壹般由用人單位和個人共同承擔社保費用；
2.繳費時間:按月繳費，具體時間由當地社保機構規定；
3.繳費比例:根據不同地區、不同社保類型，具體比例由政府部門規定；
4.支付政策:大部分地區都有在錯過支付時間的情況下進行支付的規定和程序；
5.法律責任:未按時繳納社保的用人單位可能面臨行政處罰或經濟賠償。
綜上所述，公司在員工入職後三個月才繳納社保的行為違反了《中華人民共和國社會保險法》，不僅損害了員工享受醫療、生育保險待遇等合法權益，還可能導致員工申請解除勞動合同並要求經濟補償，同時增加了員工維權的難度，尤其是在勞動監察有效期內。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第五十八條
用人單位應當自用工之日起30日內，向社會保險經辦機構申請為其職工辦理社會保險登記。未辦理社會保險登記的，由社會保險經辦機構核定其應繳納的社會保險費。自願參加社會保險的無雇工個體工商戶、不在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，應當向社會保險經辦機構申請辦理社會保險登記。國家建立全國統壹的個人社會保障號碼。個人社會保障號是公民的身份號碼。