由於單位在銀行的存款所有權屬於單位，存款人依法享有自主使用的權利，保護單位的合法權益和自身的經營利益與安全是商業銀行的重要法定義務。
凍結程序:
(縣級以上)法院凍結單位存款時，應當出具兩證兩書:本人工作證和公務證，並出具法院裁定書和協助凍結存款通知書，銀行應當立即協助執行。檢察院和公安機關出具協助凍結存款通知書和本人工作證或官方證明，由銀行行長(或董事)簽字，銀行協助執行。
凍結期不得超過6個月。每次冷凍不超過6個月。逾期未辦理續凍結手續的，視為自動解除凍結。
其他機構的凍結行為沒有具體明確的程序。
扣除程序:
法院(縣級以上)扣劃單位存款時，被執行人應當出具本人工作證和公務證明，並出具扣劃裁定書和協助扣劃存款通知書。還應當附具生效法律文書的復印件，金融機構應當立即協助執行。(兩證兩書壹份)
:查詢扣款凍結的部門。
1.查詢、凍結、扣劃單位和個人的資金:人民法院、稅務機關、海關。
2.查詢、凍結單位和個人的資金:人民檢察院、公安機關、國家安全機關、軍事保衛部門、監獄、走私犯罪偵查機關。
3.單位和個人資金查詢:監察機關(軍事監察)
4.查詢單位資金:審計機關、工商行政管理機關、證券監管機關。
5.根據《金融機構反洗錢規定》中國人民銀行令[2006]第1號:客戶要求將涉案資金轉移到境外的，金融機構應當立即向中國人民銀行當地分支機構報告。經中國人民銀行當地分支機構負責人批準，中國人民銀行當地分支機構可以采取臨時凍結措施，並書面通知金融機構，臨時凍結時間不得超過48小時。
法律依據:《中華人民共和國商業銀行法》第三十條，商業銀行有權拒絕任何單位和個人的查詢，但法律、行政法規另有規定的除外；有權拒絕任何單位或者個人凍結或者扣劃，法律另有規定的除外。