第二，關於部門管理職責。根據《畜禽養殖汙染防治條例》第五條規定，縣級以上人民政府環境保護主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統壹監督管理，農牧主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務， 循環經濟發展綜合管理部門負責畜禽養殖業循環經濟工作的組織協調，其他相關部門按照規定和各自職責負責畜禽養殖業汙染防治。 鄉鎮人民政府應當協助有關部門做好本行政區域內畜禽養殖汙染防治工作。
第三，關於排放要求。省、自治區、直轄市人民政府可以根據當地環境和經濟發展的需要，根據畜禽養殖汙染物排放標準的要求，確定嚴於本標準的集約化畜禽養殖適用規模，或者制定更嚴格的地方畜禽養殖汙染物排放標準，並報國務院生態環境主管部門備案。
第四，關於合理執法。當前，生態環境主管部門在查處規模以下畜禽養殖汙染時，應根據汙染的具體情況選擇法律的適用條款。
法律依據:《規模化畜禽養殖汙染防治條例》
第五條縣級以上人民政府環境保護主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統壹監督管理，農牧業主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務。 循環經濟發展綜合管理部門負責畜禽養殖業循環經濟工作的組織協調，其他相關部門按照規定和各自職責負責畜禽養殖業汙染防治。 鄉鎮人民政府應當協助有關部門做好本行政區域內畜禽養殖汙染防治工作。
第四十三條畜禽養殖場、養殖小區的具體規模標準由省人民政府確定，並報國務院環境保護主管部門和國務院農牧業主管部門備案。
《中華人民共和國水汙染防治法》
第五十六條
國家支持畜禽養殖場、養殖小區建設畜禽糞便和廢水綜合利用或者無害化處理設施。
畜禽養殖場、養殖小區應當保證其畜禽糞便和廢水的綜合利用或者無害化處理設施的正常運行，保證汙水達標排放，防止水環境受到汙染。
畜禽散養區所在的縣、鄉兩級人民政府應當組織對畜禽糞便汙水進行分戶收集和集中處理利用。
第五十七條水產養殖應當保護水域生態環境，科學確定養殖密度，合理使用餌料和藥物，防止汙染水環境。
第五十八條農田灌溉用水應當符合相應的水質標準，防止汙染土壤、地下水和農產品。
禁止向農田灌溉渠道排放工業廢水或醫療汙水。向農田灌溉渠道排放未經綜合利用的城市汙水和畜禽養殖、農產品加工廢水的，應當保證下遊最近的灌溉取水點的水質符合農田灌溉水質標準。