負責文電、會議、機要、機要、檔案、信息、督查、保密等機關的日常運行，承擔政府信息和新聞發布工作，起草重要文稿。
(2)戰略規劃和經濟司。
組織起草並監督實施海洋發展戰略、海洋事業發展、海洋主體功能區等規劃，推動完善海洋事務統籌規劃和綜合協調機制，掌握和分析海洋經濟發展形勢和存在的問題，提出完善體制機制和工作的建議。承擔國家海洋委員會辦公室的日常工作。
(3)政策法律事務和島嶼權益部。
組織起草法律、法規和規章。組織海島自然資源調查評價，組織建立海島統計調查制度和管理信息系統，發布海島統計調查公報，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理無居民海島使用行政許可，並承擔相應責任。承擔規範性文件合法性審核，承擔行政執法監督、行政復議和行政訴訟。
(4)海警署(海警指揮部，中國海警局指揮中心)。
組織起草海洋維權執法制度和措施，制定執法規範和程序，承擔統壹指揮調度海警隊伍開展海洋維權執法活動的具體工作，組織編制和實施海警業務建設規劃和計劃，組織海警隊伍業務培訓。
(5)生態環境保護司。
掌握和分析海洋生態環境保護的形勢和存在的問題，提出完善體制機制和工作的建議，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海洋環境保護行政許可，並承擔相應責任。依法監督陸源汙染物排海，組織起草海洋自然保護區和特別保護區管理制度和技術規範並監督實施，完善海洋生態補償制度，組織海洋生物多樣性保護，組織實施重大海洋生態修復工程。
(6)海事綜合管理司。
掌握和分析海域使用情況、存在的問題並提出完善體制機制和工作的建議，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海域使用行政許可並承擔相應責任。組織起草海域使用政策和技術規範，承擔海域動態監測，組織劃定海岸線和沿海省區界線。
(7)預報減災司。
組織起草海洋觀測、預報和評估管理辦法並監督實施，構建海洋環境安全保障體系。推動建立海洋防災減災體制機制，組織編制海洋災害應急預案，指導協調地方海洋防災減災工作，參與重大海洋災害應急處置。
(8)科技司。
組織起草海洋科技發展規劃、技術標準、計量、標準化和實施監督，組織海洋基礎調查、綜合調查、專項調查和海洋科技研究應用，推進海水利用和海洋可再生能源開發利用，承擔海洋領域數字海洋建設和衛星應用的相關工作。
國際合作司(港澳臺辦公室)。
組織海洋領域的國際交流與合作，以及與港澳臺的交流與合作。嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海洋涉外科研行政許可並承擔相應責任。參與涉外海洋事務的談判和磋商，組織實施有關國際海洋公約、條約和協定。
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