如何處理指定管轄的管轄權異議？
1.首先，指定管轄是指上級法院根據職權指定其下級法院審理案件。實質上，法律賦予上級法院在特殊情況下變更和確定管轄法院的權利，以適應審判實踐的需要，保證案件的及時、正確判決。
2.下級法院應當服從指定管轄，但當事人可以在壹定範圍內接受或者反對本院的指定管轄。本案指定管轄是在原告申請回避後形成的，被告尚未行使權利。
3.其次，允許當事人對指定管轄提出異議是程序正義的外在體現。有人認為，上級法院在指定有管轄權的案件時已經考慮了公正審判的因素，當事人再次提出管轄權異議沒有意義，延長訴訟期限也沒有意義。筆者認為，只有充分保障當事人的訴訟權利，當事人才能在訴訟中維護自己的程序權利，從而保障自己的實體權利。
檢察院:
1.檢察院是世界各國普遍設立的國家機關，行使國家檢察權。我國憲法規定:“中華人民共和國人民檢察院是國家的法律監督機關。”中國設立了最高人民檢察院、地方各級人民檢察院和軍事檢察院等專門人民檢察院。
2.人民檢察院對危害國家安全、危害公共安全、侵犯公民人身權利和民主權利等重大刑事案件行使檢察權；審查公安機關偵查的案件，決定逮捕、起訴或者不起訴；在刑事案件中起訴和支持公訴；對公安機關、人民法院、監獄、看守所活動的合法性進行監督。
法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第三條負責刑事案件的偵查、拘留、執行逮捕和預審。檢察機關直接受理的案件，由人民檢察院負責檢察、批準逮捕、偵查和起訴。由人民法院負責審理。除法律特別規定外，其他任何機關、組織和個人都無權行使這些權力。
人民法院、人民檢察院和公安機關進行刑事訴訟，必須嚴格遵守本法和其他法律的有關規定。第六條人民法院、人民檢察院和公安機關進行刑事訴訟，必須依靠群眾，以事實為根據，以法律為準繩。所有公民在適用法律時壹律平等，在法律面前不允許有任何特權。第十九條刑事案件由公安機關偵查，法律另有規定的除外。
非法拘禁、刑訊逼供、非法搜查等犯罪。司法工作人員在對訴訟活動進行法律監督過程中發現的違法行為，人民檢察院可以立案偵查。公安機關管轄的國家機關工作人員的重大刑事案件，需要人民檢察院直接受理的，經省級以上人民檢察院決定，可以立案偵查。
自訴案件由人民法院直接受理。