第壹，三者的本質不同:
1，檢驗檢疫的本質:壹般指衛生檢疫、動植物檢疫、商品檢驗。
2.海關的本質:根據所在國(或地區)的法律和行政法規行使進出口監督管理職能的國家行政機關。
3.邊檢的本質:邊檢是指對出入境人員攜帶的護照、證件、簽證、出入境登記卡、行李物品、交通工具及其所載物品的檢查和監督，以及對出入境人員的管理和對違章行為的處理。
第二，三者的性質不同:
1.檢驗檢疫性質:我國專門設立了出入境檢驗檢疫機構，對貨物、人員、車輛、集裝箱、行李和包裹等進行檢驗檢疫。出入境要保證人、動植物的安全衛生和商品質量。
2.海關的性質:海關原指商人在販運貨物途中繳納的壹種地方稅，具有“路費”或“通行費”和港口、市場“使用費”的性質。
3.邊檢的性質:邊檢是為了保衛國家的主權和安全，對出入境人員進行的檢查。
第三，三者的規定不同:
1.檢驗檢疫規定:凡列入《商檢機構實施檢驗的進出口商品目錄》和其他法律法規規定必須實施檢驗的進出口商品，必須經出入境檢驗檢疫部門或者其指定的檢驗機構檢驗。法律、法規規定必須經檢驗檢疫機構檢驗的進口貨物的收貨人，必須向卸貨港或者到達站的檢驗檢疫機構辦理進口貨物註冊登記。
法律法規規定須經檢驗檢疫機構檢驗的出口商品的發貨人，應當在指定的地點和期限向檢驗檢疫機構報檢。規定進口商品應當檢驗而未檢驗的，不準銷售和使用；未經檢驗合格的出口商品不準出口。進出口商品檢驗包括質量檢驗、安全衛生、數量鑒定、重量鑒定等。
2.海關法規:根據海關法，編制海關統計是中國海關總署的壹項重要業務。海關統計是全國進出口貨物貿易統計，負責對進出我國關境的貨物進行統計調查和分析，科學準確地反映對外貿易運行情況，實施有效的統計監管。
中國海關總署按月向社會發布中國對外貿易基本統計數據，並定期向聯合國統計局、國際貨幣基金組織、世界貿易組織等相關國際機構報送中國對外貿易月度和年度統計數據。數據發布的及時性居世界第壹。中國海關總署定期編輯出版《中國海關統計》月刊和年鑒，積極為社會各界提供統計信息和咨詢服務。
3.邊檢規定:因私出國人員到達出境口岸時，必須先填寫壹張出境登記卡，將護照、身份證、簽證交給邊檢人員，邊檢人員將逐壹檢查。
經核對持有人護照(包括護照是否真實有效，簽證是否真實有效，護照與身份證內容是否壹致等。)，邊檢人員在護照上加蓋驗訖章(包括出境口岸名稱、號碼、“出境邊檢”字樣和年、月、日等。)，並在邊防檢查站保管出境登記卡；上述手續完成後，當面將護照交給持證人。
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