1，定義不同。自由貿易區通常是指兩個或兩個以上的國家或地區，通過簽訂自由貿易協定，相互取消大部分。
劃分貨物的關稅和非關稅壁壘，取消大部分服務領域的市場準入限制。簡而言之，FTZ是由政府規劃的。
在特定區域之外，允許外國商品自由進出，不征收關稅。
保稅區也叫保稅倉庫區。這是由壹國海關設立或經海關批準註冊並接受海關監督管理的，可以更長。
及時存儲貨物的區域。經國務院批準，由海關實施特殊監管的經濟區域。
2.保稅區受海關特殊監管，貨物入區前必須在海關登記，保稅區貨物進出境內、境外或區內。
對流動性有不同的稅收限制；自由貿易區是在海關管轄範圍之外，沒有貿易限制的免關稅區域。
3.貨物在保稅區存放有期限，壹般為2-5年；在自由貿易區，貨物的儲存期不受限制。
4.因為保稅區的貨物“暫時不征稅”，貨物是用賬冊管理的；在自貿區，主要考慮的是貨物。
暢通是基本條件，大部分自貿區采取門到門管理的模式，簡化了操作程序，降低了交易成本。
5.目前很多保稅區功能比較單壹，主要扮演中轉倉儲的角色，對周邊經濟的帶動作用有限；和自由
貿易區壹般是物流集散地，大進大出，加工貿易比較發達，對周邊的輻射作用很強，可以
帶動區域經濟發展。
擴展知識:
保稅區相關政策:
1，管理與稅務。
根據現行相關政策，海關對保稅區實行封閉管理，國外貨物進入保稅區實行保稅管理；國內其他
進入保稅區的區域貨物視同出境；同時，外經貿、外匯管理等部門也對保稅區實行相對於區外的優惠待遇。
同時，保稅區具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲貨物展示等功能。
2.批準和操作。
根據工商登記法律法規，工商行政管理部門負責企業經營範圍的登記。但是對於預先許可的需要
確定可行性審批的經營範圍，申請人需要先對經營內容進行核準和申報，再進行工商登記。保稅區
境內企業經營範圍涉及前置審批項目的，也需要報相關部門許可後方可實施。
參考資料:
百度百科-保稅區