這個問題的歷史淵源是，在日本對朝鮮半島長達36年的殖民統治期間，數百萬朝鮮人被綁架到日本工作(當時日本還從中國、東南亞等國綁架了大量青壯年勞動力到日本工作)，其中約80萬人死在日本。戰後，如何處理被綁架的朝鮮人和不願返回朝鮮半島的所謂在日朝鮮人的法律地位問題，成為兩國與日本之間的重大外交課題。日本最初不願意讓這些人成為日本公民。這些人很多都嫁給了日本人，形成了非常復雜的“跨國”和“非法”婚姻(日本政府在法律上不承認)，他們中的壹些人在返回朝鮮半島時，將日本配偶帶回了韓國和朝鮮。
當時朝鮮的經濟狀況比韓國好，是獨立的社會主義國家，而韓國是依賴美國的，並沒有完全獨立(軍隊的指揮權還在美國人手裏)。所以當時朝鮮在海外朝鮮人心目中的地位遠高於韓國，所以在日本，朝鮮人回朝鮮的次數多於韓國(韓日建交後，處理了相關問題)。日本和朝鮮尚未建交，相關問題也沒有完全解決)。例如，金正日的第二任妻子高英姬隨父親從日本回到朝鮮，盡管她的祖籍是韓國的濟州島。這些人返回朝鮮半島的浪潮在上世紀五六十年代達到頂峰，之後逐漸減少。
所謂的綁架日本人事件是在日本所謂的朝鮮人返回朝鮮半島的高峰過去之後發生的。這個事件的歷史根源很復雜，直接原因有很多不同的版本。比較可信的壹種說法是，朝鮮的壹些低級官員試圖動員更多在日本的朝鮮人返回朝鮮，以贏得政府的信任，但當動員失敗時，個人實施了綁架。但朝鮮人綁架日本人給其情報人員教日語的說法並不可信，因為經過36年的殖民統治和戰後大量在日朝鮮人回國，朝鮮並不缺日語人才。
所謂朝鮮綁架日本人成為朝日外交懸案後，日本媒體對此進行了大量報道，主要反映這些被綁架者的家屬是如何的痛苦，朝鮮政府是如何的不人道。但對於這壹事件的背景和歷史根源，鮮有客觀報道。後來證實，這壹時期日本發生的多起疑似與綁架朝鮮有關的失蹤案件(日本媒體最初報道的綁架朝鮮特工案件約50-60起，涉及失蹤人員200余人)只是普通的刑事治安案件(與朝鮮無關)。最終確定與朝鮮綁架案有關的事件有8起，涉及十余人。
理解事件本身的所有要素很重要，但任何事件的發生都不是孤立的。在了解事件本身的同時，充分了解事件的歷史根源和背景也非常重要